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ＰＣＲ技術類似于ＤＮＡ的天然復制過程，其特異性依賴于與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。ＰＣＲ由變性一退火—延伸三個基本反應步驟構成。這個反應過程在ＰＣＲ反應容器中進行，隨著基因擴增儀的不斷發展，其反應容器也經歷了從１．５ｍｌ到０．２ｍｌ （０．２５ｍ１）的離心管逐步發展成ＰＣＲ專用的薄壁的０．２ｍｌ，０．１ｍｌｐｃｒ管。隨著ｐｃｒ擴增反應數量的提高，逐步形成了ＰＣＲ條、ＰＣＲ板高通量的基因擴增容器。
ＰＣＲ由變性－－退火－－延伸三個基本反應步驟構成
模板ＤＮＡ的變性：
模板ＤＮＡ經加熱至９４℃左右一定時間后，使模板ＤＮＡ雙鏈或經ＰＣＲ擴增形成的雙鏈ＤＮＡ解離，以便它與引物結合，為下輪反應做準備。
模板ＤＮＡ與引物的退火（復性）：
模板ＤＮＡ經加熱變性成單鏈后，溫度降至５５℃左右后，引物與模板ＤＮＡ單鏈的互補序列配對結合。
引物的延伸：
ＤＮＡ模板——引物結合物在Ｔａｑ的作用下，以ｄＮＴＰ為反應原料，按堿基配對與半保留復制原理，合成一條新的與模板ＤＮＡ 鏈互補的半保留復制鏈。
ＰＣＲ技術的基本原理
該技術是在模板ＤＮＡ、引物和四種脫氧核糖核苷酸存在下，依賴于ＤＮＡ聚合酶的酶促合成反應。
ＤＮＡ聚合酶以單鏈ＤＮＡ為模板，借助一小段雙鏈ＤＮＡ來啟動合成，通過一個或兩個人工合成的寡核苷酸引物與單鏈ＤＮＡ模板中的一段互補序列結合，形成部分雙鏈。
在適宜的溫度和環境下，ＤＮＡ聚合酶將脫氧單核苷酸加到引物３′－ＯＨ末端，并以此為起始點，沿模板５′→３′方向延伸，合成一條新的ＤＮＡ互補鏈。
（文章來源于互聯網）
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